No Banco de Portugal, a função de auditoria interna é desempenhada pelo Departamento de Auditoria e é acompanhada pelo Conselho de Auditoria.

O Departamento de Auditoria zela pela eficácia dos processos de gestão de risco, de controlo e de governação do Banco de Portugal. As responsabilidades deste departamento constam da Carta de Auditoria Interna do Banco de Portugal, aprovada pelo Conselho de Administração.

Ao Conselho de Auditoria compete assegurar que a função de auditoria interna é desempenhada de forma independente, sistemática e eficaz, contribuindo para a concretização da missão e dos objetivos do Banco. 

O Departamento de Auditoria também participa na auditoria interna do Eurosistema e do Sistema Europeu de Bancos Centrais, de acordo com a política e os procedimentos aprovados pelo Conselho do Banco Central Europeu.

A política de auditoria interna em vigor no Eurosistema/SEBC consta do documento "Audit Charter for the Eurosystem/ESCB and the Single Supervisory Mechanism".